Cada uno de los 54 pins digitales en los Arduino Mega 2560 puede ser usado como una entrada o salida, utilizando pinMode (), digitalWrite (), y las funciones digitalRead ().Funcionan a 5 voltios. Cada pin puede proporcionar o recibir un máximo de 40 mA y tiene una interna de pull-up resistor (desconectada por defecto) de 20-50 kOhmios. Además, algunos pines tienen funciones especializadas.